Curso de postgrado:
Herramientas moleculares para la identificación y caracterización de hongos y levaduras

 

 

 

 

 

 

Fecha: 16 al 21 de mayo de 2011

Lugar: Cátedra de Microbiología. Facultad de Química. Universidad de la República. Montevideo, Uruguay

Horario de 8.30 a 12.30 y de 14 a 18

 

FUNDAMENTOS

Curso teórico y práctico que discute y analiza la utilidad  de herramientas moleculares para la identificación y caracterización de hongos filamentosos y levaduras. Está dirigido a estudiantes de postgrado en las áreas Biotecnología, Bioquímica, Biología, Química, Agronomía o de formación equivalente. Se trata de un curso de 40 horas totales (25 de teórico y 15 de práctico) de una semana de duración. El contenido del curso abarca los principios básicos sobre identificación y tipificación molecular de hongos, la descripción y utilidad de los métodos utilizados. Plantea los pasos a seguir en el análisis molecular, incluyendo el uso de programas y bases de datos. Describe casos particulares presentados por diferentes investigadores en el tema y plantea como trabajo práctico la resolución de una situación problema en la cual grupos de 4 o 5 estudiantes deberán plantear una estrategia para identificar un determinado aislamiento proveniente de un determinado contexto.

El cupo del curso es de 20 alumnos. Dicho cupo está limitado por la infraestructura necesaria para el práctico. Se podrían aceptar más alumnos para el curso teórico solamente.

 

PROGRAMA

Teórico

 

Día 1

·Principios básicos sobre identificación molecular de hongos

·Pasos del análisis molecular:

-Extracción ADN de hongos filamentosos y levaduras

-Purificación de ADN, Amplificación de regiones de interés.

 

Día 2

·Identificación a nivel de especie:

- Regiones génicas utilizadas para la identificación.

- Análisis de las regiones: Secuenciación, RFLP.

- Bases de datos

·Otros métodos utilizados para identificación a nivel de especie:

-RAPD, primers específicos. Casos especiales REP, ERIC.

 

Día 3

·Tipificación: subespecie, quimiotipo, cepa

-Métodos: primers específicos, RAPD, AFLP. Microsatélites.

-Tipificación de cepas de interés industrial. Caso particular: S. cerevisiae, análisis por   RFLP mitocondrial .

·Determinación de resistencia a fungicidas por métodos moleculares.

·Cuantificación de hongos por Real Time PCR

 

Día 4

Casos aplicados

·Identificación a nivel de especie de hongos del género Pleurotus por métodos de biología molecular. ´

·Identificación a nivel de especie de hongos del género Alternaria patógenos de manzana por métodos de biología molecular.

·Identificación de especies de Trichoderma por métodos de biología molecular.

·Métodos moleculares aplicados a la identificación de levaduras de origen clínico.

 

Día 5

·Conferencia del Dr. Todd Ward (USDA, Preoria) Multilocus genotyping. Special case: Fusarium graminearum

·Conferencia de la  Dra. Marcel Sangorrín (Universidad del Comahue, Argentina). Uso de herramientas moleculares para la identificación de levaduras de la región patagónica argentina

·Prueba teórica para alumnos de postgrado

 

Práctico

El curso práctico consiste en la resolución de una situación problema, la cual se entregará el primer día del curso. Se plantearán  5 situaciones problema que consistirán en identificar un hongo problema, dentro de un contexto que limitará las especies a las cuales pueda pertenecer. Los estudiantes deberán proponer los métodos moleculares adecuados para la resolución del problema, discutirlos y llevar a cabo en forma práctica el método más adecuado. Cada subgrupo de un máximo de 4 estudiantes será guiado por un docente.

 

Las situaciones problemáticas serán:

1.Identificación  a nivel de especie de aislamiento de Pleurotus

2.Identificación a nivel de especie de de aislamiento de Aspergillus de uva

3.Identificación a nivel de especie de de aislamiento de Penicillium patógeno de manzana

4.Identificación a nivel de especie de un aislamiento de Fusarium patógeno de trigo

5.Identificación a nivel de especie de un aislamiento de levadura productora de etanol aislada de muestras de miel.

 

Día 1

Entrega de problemas. Planteo del problema por el docente encargado.

Análisis bioinformático de regiones génicas para la identificación del hongo.

 

Día 2

Extracción y purificación de ADN genómico de la muestra. Comparación de métodos.

Amplificación de la región génica a estudiar.

 

Día 3

Preparación del RFLP de la región amplificada para la identificación del hongo o levadura problema.

Preparación y análisis de una corrida para cuantificación de Fusarium toxigénicos en trigo por Real time PCR (Actividad no relacionada al problema planteado).

 

Día 4

Análisis del resultado del RFLP obtenido.

Discusión sobre los resultados obtenidos frente al problema planteado. Preparación de la presentación de resultados.

 

Día 5  

Presentación y discusión de las situaciones problemas planteadas en el curso práctico.

 

LUGAR

Cátedra de Microbiología. Facultad de Química.

Gral. Flores 2124. Montevideo. Uruguay

 

Docente coordinador: Dra. Silvana Vero Prof. Agregado de la Cátedra de Microbiología. Facultad de Química. Universidad de la República.

Consultas: svero@fq.edu.uy

sverom@gmail.com